W dniu 22 listopada 1948 roku – dzięki staraniom prof. Zofii Lissy – podczas IV Walnego Zebrania Związku Kompozytorów Polskich postanowiono rozszerzyć ZKP powołując Sekcję Muzykologów. Wybory do odrębnych władz Sekcji rozpoczęły się w roku 1964, a pierwszą jej przewodniczącą została Zofia Lissa. Sekcją Muzykologów ZKP kierowali kolejno:
- Zofia Lissa 1964–1969
- Jan Stęszewski 1969–1973
- Jerzy Morawski 1973–1975
- Stefan Jarociński 1975–1979
- Mieczysław Tomaszewski 1979–1981
- Mirosław Perz 1981–1983
- Bohdan Pociej 1983–1985
- Piotr Poźniak 1985–1991
- Mirosław Perz 1991–1993
- Tadeusz Kaczyński 1993–1997
- Katarzyna Dadak-Kozicka 1997–2001
- Alicja Matracka-Kościelny 2001–2003
- Katarzyna Dadak-Kozicka 2003–2011
- Paweł Gancarczyk 2011-2015
- Beata Bolesławska-Lewandowska 2015-2025
- Iwona Lindstedt 2025-
Jednym z głównych zadań Sekcji Muzykologów ZKP było organizowanie Ogólnopolskich Konferencji Muzykologicznych, a z czasem także wydawanie materiałów z tychże konferencji. Od 2004 roku Sekcja wydaje „Polski Rocznik Muzykologiczny” (od 2016 we współpracy z Polskim Wydawnictwem Muzycznym) oraz anglojęzyczny rocznik „Musicology Today” (we współpracy z Instytutem Muzykologii UW). Więcej na temat współczesnej historii Sekcji Muzykologów w "Forum Muzykologicznym" 2005: J. Katarzyna Dadak-Kozicka Dekada Sekcji Muzykologów na przełomie tysiącleci, https://www.zkp.org.pl/index.php/pl/sekcja-muzykologow/forum-muzykologiczne/313-forum-muzykologiczne-2005 i "Polskim Roczniku Muzykologicznym" 2018: Beata Bolesławska-Lewandowska The Musicological Section of the Polish Composers’ Union. Historical Background oraz Iwona Lindstedt The Activities of the Musicological Section of the Polish Composers’ Union over the 70 Years of its Existence.